秘书处为联盟常设执行机构。秘书处的组成：设秘书长1名，副秘书长2名。办公地点设在联盟理事长单位。每届秘书处工作人员的任期为3年，换届应在理事会换届后三个月内完成，可连选连任。

    秘书处的职责：
    （1） 执行理事会决议，在理事会闭会期间代行其管理职能，负责联盟日常事务。
    （2） 负责组织、落实、管理和协调联盟内的各项工作。
    （3） 负责理事会的筹备，向理事会作年度工作总结报告，编制年度工作计划、财务预算和决算方案。
    （4） 负责受理联盟外单位加入联盟的申请，对其资格进行初步审查。
    （5） 负责受理联盟项目（专题，课题）的立项申请，在对其进行形式审查后，按规定程序分别提交理事会和专家委员会审议。
    （6） 在项目获得理事会批准后，负责组织向有关部门申报政府项目。
    （7） 组织联盟有关成员在本章程框架下签订具体的项目协议或合同。
    （8） 对项目知识产权权属、成果推广等事项进行登记。
    （9） 协助专家委员会开展工作。
    （10）办理理事会交办的其他事项。